这天，大古、新城驾驶着GUTS飞燕1号搜寻两个月前失踪的吉普他3号，自从前往木星探测之后，就失去了音讯。大古感慨道：干宇航员这一行真的是一件很危险的事。
突然，传感器上有了反应，有个东西正在接近。在高度2万公尺的地方，正在以4马赫的速度急速下降。如果是航空客机，又过于巨大。经预测的到达地点是在鹿岛海滩附近，那里有宇宙开发局的设施。那是为了开发下个世纪恒星间的运载火箭而设立的高纯度能源储备基地。
那东西掉在了海边，原来是一个怪兽。怪兽正向能源基地靠近。赶到的GUTS战斗机开始发动攻击。怪兽还是侵入了基地，开始吸食高纯度能源。能源基地方面立刻启动防卫控制系统DCS。可这时，从怪兽的眼睛发出怪光，DCS系统突然发生鼓掌无法启动。吸收完能源的怪兽飞了起来，消失得无影无踪，就像火箭一样。


事后，能源基地查到：因为受到外部指令的干涉，整个DCS系统机能停止了。而DCS系统具有最新的防御系统，只有制造DCS的人能够越过防御系统轻而易举的进入。而制造者就是乘坐吉普他3好失踪的江崎博士。
并且，宇宙开发局的D机关报告说吉普他3号的宇航员在这几天里曾经出现在他们的家人面前。如果说吉普他3号已经返回了地球，这是不可能的事。
新城队员听说宇宙开发局的人在找吉普他3号宇航员的家属问情况。他怀疑那只怪兽和吉普他3号有密切的关系。队长的回答是吉普他3号的事情属于宇宙开发局管辖，他们有他们的做法，而GUTS也有GUTS自己的方式，绝对不能超越范围，去干涉对方的任务。


新城队员有几个朋友因为事故去世了，正因为这样，他很生气。他认为宇宙开发局的人根本就不理解那些家属有多担心，他感到人类正失去一些美好的东西。善良、温柔和体贴这些属于人类美好的本质，好象正慢慢的淡化。
TPC检验了从现成带回来的那只怪兽的碎片，其中含有吉普他3号机体外壳的成分。乘坐吉普他3号的那些宇航员可能遭到了怪兽的袭击，也有可能在那之前就已经发生了意外。
野瑞队员认为像江崎博士这样聪明的人一定回留下写什么讯息的，他就在电脑里拼命地到处寻找，终于让他在江崎博士研究所的私人电脑里找到了这样一条来自江崎博士的信息：我希望着有人能够接受我发出的这个信息，我要说出事情的经过。我们三个人所搭乘的吉普他3号按照预定计划抵达木星运行轨道的时候，那个东西出现了，正迅速地向飞船左舷翼方向接近那东西有强烈的能源反应。一瞬间我们被一个强烈的发光体包住了。我想，他一定是来吸取吉普他3号的能源的。那东西进入到了我们的身体里。它为了寻找下一个能源来到了地球，这是一个没有感情也没有实体的未知的能源体。怪兽，是他探测到我们的空际的感情后制造出来的创造物，我们拥有的知识和能力完全被他所操纵。我们处于一种无法抵抗的状态，几乎没有时间能够觉醒到自己属于人类。最后，我希望整个地球不会发生被我们破坏的悲剧，我只能默默地祈祷。


宗方副队长提出一个疑问：既然那些宇航员已经成为怪兽的俘虏，怎么还有可能现身呢？大古猜测这是因为我们人类对亲人的那份感情，怪兽无法理解，于是他们的意识借用了怪兽的能力而实体化出现了。
这时接到报告说，怪兽又出现了，方向是鹤崎发电站。鹤崎发电站负责供应整个关东地区60%的电力，一旦遭到破坏，整个城市就会陷入瘫痪状态。TPC总部下达了消灭怪兽的正式命令。GUTS队员驾驶着GUTS飞燕号出发了。GUTS在距离发电站十公里的地方发现了怪兽，他们要在怪兽到达发电站前对他展开攻击。
大古和新城的1号机被怪兽的光线击中，新城晕了过去。大古立即变身为迪迦奥特曼。由于在战斗的一开始，由于力量处于下风。他变身为强力形态，总算在力量上压制了敌人。然后他发射了迪拉修姆光线，可是没有作用。那怪兽简直是铜墙铁壁，无法从外部攻入。新城突然想到，可以从内部攻破怪兽的防御。他要求总部把吉普他3号宇航员的资料，尤其是他们家属的照片传送到吉普他3号的电脑里。就这样，困在怪兽体内的三个人沉睡的意识终于苏醒了。他们要再次作为人类活下去，把怪兽储存的能源夺过来，用这个能源攻击怪兽，把它击败。怪兽的行动终于停止了。迪迦变回复合形态，发射了哉佩利敖光线，怪兽发生了大爆炸。


战后，新城说那场战斗的胜利是他们三个夺回了作为人类的骄傲和尊严，再一次拼了性命，救回了我们的所有人。然后他们成为了超越人类的光的生命体，向着无限辽阔的宇宙前进了。